A funcionalidade de ponto de notificação é fornecida pelo inicializador de aplicativos do seu celular, e não pelo WhatsApp. Inicializadores como o Nova e apps como o Notifyer podem criar os pontos de notificação nos ícones de aplicativos.
Em geral, a ausência do ponto de notificação e as contagens incorretas no ícone do WhatsApp estão relacionadas a um problema no seu inicializador.
Se você não consegue ver o ponto de notificação próximo ao ícone do WhatsApp, talvez seja necessário remover esse ícone da sua tela inicial e adicioná-lo novamente.
Para remover um ícone da sua tela inicial, toque e segure o ícone e arraste-o para a lixeira.
Se o problema persistir, entre em contato com o fabricante do seu celular.